Na het bereiken van de Stille Oceaan in november 1805 vestigde het korps Fort Clatsop, nabij het huidige Astoria, Oregon, als winterkwartier. Toen, op 23 maart 1806, vertrokken de vermoeide ontdekkingsreizigers naar huis en St. Louis. Ze haalden hun paarden van de Nez Percé-indianen en staken de Bitterroot-bergen over. De expeditie splitste zich in twee partijen in de buurt van het huidige Lolo, Idaho, om het land tijdens de terugreis grondiger te verkennen; de groepen zouden meer dan een maand uit elkaar zijn. Gedurende die tijd werd het bedrijf van Lewis aangevallen door Blackfoot krijgers, van wie er twee werden gedood in de gevechten, het enige bloedvergieten van de expeditie. Kort daarna, de halfblinde privé Pierre Cruzatte vergiste Lewis voor een eland en schoot hem in de dij. Tegen de tijd dat Lewis herenigd werd met Clark, was zijn been bijna hersteld. Toen hij op 23 september 1806 St. Louis bereikte, merkte Clark op: "We werden door het hele dorp ontvangen en werden hartelijk ontvangen." De 8.000 mijl lange reis van het korps was voorbij.
Sgt. John Ordway
Sergeant Ordway, een van de oorspronkelijke leden van het korps, had geholpen het eerste winterkamp van de expeditie bij St. Louis te organiseren. Net als de andere sergeanten hield Ordway een dagboek bij, maar hij was de enige die een dagboek noteerde. Op 21 september 1806, toen het korps St. Charles (in het huidige Missouri) bereikte, schreef Ordway: 'Tegen de avond schoten we aan in St. Charles, schoten drie rondes en kampeerden aan de onderkant van de stad. De stad verzamelde zich aan de oever en kon nauwelijks geloven dat wij het waren, want ze hadden gehoord en geloofd dat we allemaal dood waren en waren vergeten. "
Die herfst vergezelde Ordway ook Lewis en een delegatie van Mandan en Osage Indianen naar Washington, DC om de toekomstige Amerikaanse handel met deze stammen te bespreken. Later verkocht hij zijn dagboek aan Lewis en Clark voor $ 300, en verhuisde naar het Missouri-gebied, waar hij trouwde en landbouwgrond begon in de buurt van New Madrid. In december 1811 troffen drie grote aardbevingen het gebied; tussen 500 en 1.000 mensen kwamen om. Tegen de tijd dat een vijfde aardbeving toesloeg, 7 februari 1812, bleef er nauwelijks een huis over en werd New Madrid een spookstad. Hierna is weinig meer bekend over Ordway; geleerden speculeren dat zijn landbouwgrond onbruikbaar is geworden door de aardbevingen en dat hij stierf in armoede.
Capt. Meriwether Lewis
Op 23 september 1806 schreef Lewis aan president Jefferson: "Het doet mij genoegen u de veilige aankomst van mijzelf en feest aan te kondigen ... In gehoorzaamheid aan uw bevelen hebben wij het continent van Noord-Amerika tot de Stille Oceaan gepenitreerd, en voldoende het binnenland van het land onderzocht om met vertrouwen te bevestigen dat we de meest praktische route hebben ontdekt die de dosis over het continent bestaat door middel van de bevaarbare takken van de rivieren Missouri en Columbia. "
Zowel Lewis als Clark werden genereus beloond voor hun diensten, die elk grote percelen en dubbele beloning ontvingen. President Jefferson benoemde in maart 1807 Lewis tot gouverneur van het territorium van Upper Louisiana; onverklaarbaar wachtte Lewis een jaar voordat hij naar St. Louis ging om zijn nieuwe taken op zich te nemen. Daar aangekomen raakte hij in de schulden door grond te kopen en door de expeditiedagboeken voor te bereiden op publicatie. President James Madison, die Jefferson was opgevolgd, weigerde hem de kosten terug te betalen die hij had gevraagd om de Mandan en Osage-delegatie terug te brengen naar hun thuisland, en minister van oorlog William Eustis liet weten dat Lewis van de fondsen zou profiteren. In augustus 1809 schreef een verontruste Lewis aan Eustis: "Ik heb nooit een cent publiek geld ontvangen ... Ik ben op de hoogte gesteld dat er verklaringen tegen mij zijn afgelegd - ik wens alleen maar een volledig en eerlijk onderzoek." Eind 1809 verliet Lewis St. Louis naar Washington, DC om zijn naam te wissen. Ernstig depressief, probeerde Lewis onderweg twee keer zelfmoord. Bij aankomst in een wegrestaurant in Tennessee op 10 oktober beëindigde de 35-jarige ontdekkingsreiziger zijn leven door zichzelf met twee pistolen te schieten.
James Neelly, Indiase agent van de Chickasaw Nation, schreef onmiddellijk aan Thomas Jefferson: "Het is met extreme pijn dat ik u moet informeren over de dood van Zijne Excellentie Meriwether Lewis, gouverneur van Boven Louisiana die stierf op de ochtend van de 11e Instant en het spijt me te moeten zeggen door Suicide ... [Ik] had hem zo fatsoenlijk begraven als ik kon op die plaats - als er iets is dat zijn vrienden willen dat zijn graf wordt aangedaan, zal ik hun instructies opvolgen. "
Na de dood van Lewis stemde de regering-Madison ermee in het saldo van de betwiste rekeningen te betalen.
Capt. William Clark
Hoewel Clark de commissie van de kapitein niet kreeg die Lewis had aanbevolen, kreeg Clark twee benoemingen: brigadegeneraal van militie en hoofdinspecteur van Indiase zaken voor het grondgebied van Upper Louisiana. In 1813 werd hij benoemd tot gouverneur van het Missouri-territorium, een functie die hij tot 1820 bekleedde. Na de dood van Lewis werden de expeditiejournalen naar Clark gestuurd, die ze overdroeg aan redacteur Nicholas Biddle. De tweedelige tijdschriften werden in 1814 aan het publiek gepresenteerd, tien jaar nadat het korps zijn epische reis begon; hun publicatie veroorzaakte weinig opschudding.
Clark-biograaf Landon Y. Jones merkt op: "Gedurende 30 jaar na de expeditie rangschikte William Clark de leidende federale ambtenaar in het Westen, de point man voor zes presidenten, van Jefferson tot Van Buren, die hem vertrouwde op het beschermen van Amerikaanse belangen op grondgebied bitter betwist door zowel Groot-Brittannië als Spanje. " Clark belichaamde de tegenstrijdigheden van zijn tijd; terwijl hij de regering aanspoorde om Indianen eerlijk te behandelen, dwongen de verdragen die hij bemiddelde de verplaatsing van tienduizenden. Clark stierf op 68-jarige leeftijd, in 1838, in het huis van St. Louis van zijn eerstgeboren zoon, Meriwether Lewis Clark.
Sacagawea
Zeven jaar na haar hereniging met de Shoshone verschenen Sacagawea en haar man in Fort Manuel, een handelspost in de buurt van het huidige Bismark, North Dakota, waar Toussaint werk had gevonden als tolk bij de Missouri Fur Company. Journalist Henry Brackenridge schreef dat Sacagawea ziek was 'en ernaar verlangde haar geboorteland opnieuw te bezoeken'. Ze heeft nooit de kans gekregen. Op 20 december 1812 schreef John Luttig, de hoofdbediende van het fort, in zijn logboek dat Sacagawea "stierf aan een bedorven koorts, zij was een goede en de beste vrouw in het fort." Ze zou ongeveer 25 zijn geweest. Ze liet twee biologische kinderen achter: de 7-jarige Jean Baptiste en de 4-maanden oude Lisette.
Het volgende jaar diende Luttig, mogelijk vertegenwoordiger van William Clark (voor wie hij had gewerkt), het Orphans 'Court in St. Louis in voor voogdij over Jean Baptiste en Lisette. (Tegen die tijd werd Toussaint verondersteld dood te zijn, na zes maanden niet te zijn gezien.) De naam van Luttig werd uiteindelijk doorgehaald in het verzoekschrift en vervangen door die van Clark, die op zijn minst de opleiding van Baptiste betaalde. (Baptiste reisde later naar Europa, waar hij zes jaar verbleef. Bij zijn terugkeer naar de Verenigde Staten werkte hij als trapper met Jim Bridger en Kit Carson.) Het lot van Lisette en dat van Sacagawea's neef is onbekend.
Jean Baptiste
In de loop van de expeditie werd William Clark erg gesteld op de baby van Sacagawea, werd hij voogd en financierde hij later zijn opleiding aan een kostschool in St. Louis.
Er zijn maar weinig bekende feiten uit het leven van Baptiste. In 1823 bezocht hertog Paul Wilhelm Friedrich Herzog uit Wurttemberg, Duitsland, een handelspost in het huidige Kansas City, waar hij de toen 18-jarige man ontmoette, die werkte als gids en tolk. De twee reisden naar Europa, waar Baptiste zes jaar verbleef. Hij verwekte een kind met een Duitse vrouw, maar de baby, een jongen, stierf na drie maanden en Baptiste keerde terug naar de Verenigde Staten. Hij ging naar het westen en werkte uiteindelijk als trapper met Jim Bridger en Kit Carson.
Baptiste vestigde zich in Californië en diende als alcalde of magistraat bij de San Luis Rey Mission. In 1866 sloot hij zich aan bij goudzoekers op weg naar het Montana Territory. Onderweg ontwikkelde hij longontsteking en stierf kort daarna, op 61-jarige leeftijd, in Oregon nabij de grens met Idaho, nadat hij alle leden van de expeditie had overleefd behalve Sgt. Patrick Gass.
York
Na het einde van de expeditie reisde Clark in 1807 naar St. Louis om de functie op zich te nemen als belangrijkste Indiase agent voor het Territorium van Upper Louisiana, en bracht hij York mee. Er ontstond een kloof tussen de twee mannen: York had in Kentucky willen blijven, in de buurt van zijn vrouw, die hij in bijna vijf jaar niet had gezien. Hij smeekte Clark ook om zijn vrijheid - misschien denkend aan de dubbele beloning en 320 hectare die de andere mannen ontvingen voor hun diensten tijdens de expeditie. Deze verzoeken troffen Clark als aanmatigend afkomstig van een slaaf. Clark liet York uiteindelijk in 1808 terugkeren naar Kentucky voor een kort bezoek. Maar Clark schreef aan zijn broer Jonathan: "Als er een poging wordt gedaan door york om weg te lopen, of weigert zijn plicht als slaaf te beproeven, wens ik hem dat hij naar New Orleans wordt gestuurd en wordt verkocht, of wordt verhuurd aan een ernstige meester tot hij denkt beter van dergelijk gedrag. "
In een brief (nu in de Jonathan Clark Papers - Temple Bodley Collection bij de Filson Historical Society in Louisville) aan zijn broer van enkele maanden later, schreef Clark: "Ik wou het goed met hem doen - maar omdat hij een idee over vrijheid en zijn erence Services, dat ik niet verwacht dat hij mij weer veel van dienst zal zijn; ik denk niet met hem, dat zijn Services zo geweldig zijn geweest (of mijn situatie zou me beloven om hem te bevrijden). "
York keerde begin 1809 terug naar St. Louis, maar Clark zag hem nog steeds ongunstig. "Hij is hier maar van zeer weinig service aan mij", schreef Clark aan Jonathan. "[York is] brutaal en Sulky, ik gaf hem onlangs een Ernstige trouncing en hij heeft Sence veel hersteld."
De laatste vermelding van York in de brieven van William Clark verschijnt in augustus 1809; Clark was zo ontevreden over hem dat hij besloot hem te verhuren of te verkopen. John O'Fallon, de neef van Clark, schreef in 1811: "De termijn waarvoor [York] gisteren bij Mr. Young was aangenomen, is verlopen, maar ik geloof dat hij bereid is om Mr. Fitzhugh te vragen, hem opnieuw heeft ingehuurd aan een heer Mitchell die ongeveer zeven mijlen woont vanuit deze plaats ... Ik vrees dat hij onverschillig gekleed is geweest door Young ... "O'Fallon merkt verder op dat de vrouw van York met haar meester en de rest van zijn huishouden naar Mississippi was verhuisd; het is onwaarschijnlijk dat York en zijn vrouw elkaar weer hebben gezien. Tien jaar na het einde van de expeditie was York nog steeds tot slaaf gemaakt en werkte hij als wagen voor de familie Clark.
In 1832 interviewde schrijver Washington Irving Clark en vroeg naar het lot van York. Clark antwoordde dat hij York eindelijk had bevrijd en zei verbazingwekkend dat zijn voormalige slaaf niet blij was met zijn vrijheid en probeerde terug te keren naar Clark - onderweg stervend aan cholera.
Maar deed hij dat? In 1832 vond pelshandelaar Zenas Leonard tijdens een bezoek aan een Crow-dorp in het noorden van centraal Wyoming 'een neger, die ons vertelde dat hij voor het eerst met Lewis en Clark naar dit land kwam - met wie hij ook terugkeerde naar de staat Missouri, en na een paar jaar keerde hij terug met een heer Mackinney, een handelaar aan de rivier de Missouri, en is sindsdien hier gebleven - dat is ongeveer tien of twaalf jaar. "
Op 17 januari 2001 promoveerde president Clinton postuum tot de rang van ere-sergeant, regulier leger.
