Indonesië is de over het hoofd gezien geboorteplaats van professionele paleoantropologie. In Europa in het midden van de 19e eeuw ontdekten wetenschappers voor het eerst een uitgestorven mensachtige soort: Neanderthalers. Het is eigenlijk nauwkeuriger om te zeggen dat Neanderthaler fossielen zijn gevonden door leken die ze vervolgens onder de aandacht van bekende anatomisten hebben gebracht. Pas in 1890 ging een onderzoeker het veld in op zoek naar mensachtige botten. Eugene Dubois, een Nederlandse arts, reisde naar Indonesië, toen een Nederlandse kolonie, op zoek naar menselijke voorouders. In 1891 ontdekte hij Homo erectus- fossielen en maakte hij jacht op mensachtigen - en maakte van Azië een bestemming voor paleoantropologen.
Trinil: de ontdekkingen van Dubois vonden plaats in de buurt van het dorp Trinil in centraal Java. Zijn eerste vondst was een skullcap, nu bekend tot op heden 700.000 tot 1 miljoen jaar geleden. De schedel zag er menselijk uit, maar hij had dikke botten, zware wenkbrauwen en een laag, hellend voorhoofd. Een jaar later, in 1892, vond Dubois een bijna volledig dijbeen dat er bijna modern uitzag. Hij besloot dat de botten behoorden tot een uitgestorven soort die een 'ontbrekende schakel' was tussen apen en mensen. Hij noemde de soort Pithecanthropus erectus ("rechtopstaande aapmens"). Soms de Java-man genoemd, wordt de soort tegenwoordig Homo erectus genoemd .
Ngandong: Nederlandse onderzoekers ontdekten meer H. erectus- fossielen, die 15 individuen vertegenwoordigen, op Java in de jaren dertig in de buurt van het dorp Ngandong aan de Solo-rivier van Java. Tot voor kort dachten paleoantropologen dat de botten van Ngandong een zeer recente populatie van H. erectus vertegenwoordigden. Dacht misschien zo jong als 30.000 tot 50.000 jaar geleden, deze mensachtigen konden tijdgenoten zijn van Neanderthalers en moderne mensen die in Europa en West-Azië wonen. Maar meer recent veldwerk en datinganalyses suggereren dat de Ngandong-mensachtigen veel eerder leefden, ergens tussen 143.000 en 546.000 jaar geleden.
Mojokerto: In 1936 heeft een assistent die bij de Dutch Geological Survey werkte, een gedeeltelijke schedelkap van een twee- tot driejarig kind in Oost-Java opgegraven. Teamlid Ralph von Koenigswald, een Duitse paleontoloog, herkende de schedel als behorend tot een vroege mensachtige, H. erectus . Hoewel de exacte locatie en dus de leeftijd van het fossiel de laatste jaren in twijfel is getrokken, denken wetenschappers over het algemeen dat de schedel van het Mojokerto dateert van ongeveer 1, 8 miljoen jaar geleden. Dat maakt het een van de oudste mensachtige botten die ooit buiten Afrika zijn gevonden.
Sangiran: Tussen 1937 en 1941 vond von Koenigswald aanvullende H. erectus- fossielen op de site van Sangiran in centraal Java. De vondsten omvatten drie gedeeltelijke schedels, gedeeltelijke kaken en tientallen geïsoleerde tanden. Deze fossielen, die dateren van meer dan een miljoen jaar geleden, hebben de geldigheid van de soortstatus van H. erectus bevestigd . Tegenwoordig kunnen toeristen de fossiele site bezoeken, die de thuisbasis is van doorlopende opgravingen en een museum.
Flores: de meest recente ontdekking van mensachtigen in Indonesië was een grote schok. In 2004 kondigde een groep onderzoekers uit Indonesië en Australië aan dat ze een ongebruikelijke verzameling fossielen hadden gevonden op het Indonesische eiland Flores. De botten behoorden toe aan een kleine hersenenmens die minder dan vier voet lang was en minder dan 70 pond woog - maar sommige fossielen waren slechts 17.000 jaar oud. De onderzoekers besloten dat de "Hobbit" tot een nieuwe soort behoorde, Homo floresiensis . Zodra de voorouder van de soort, misschien H. erectus, op het eiland aankwam, ontwikkelde de mensachtigen zich kleiner als aanpassing aan het leven op een klein eiland. Critici zeggen echter dat de Hobbit eigenlijk een moderne mens is met een soort van groeiaandoening.
